多數生化妊娠可能沒有明顯臨床癥狀和早孕反應，也有一部分女性是因為月經來潮出現延遲，警惕性較高而進行血液、尿液檢查，才發現可能處于生化妊娠狀態。絕大多數女性發生生化妊娠時，可能不會有明顯的癥狀反應，少數可能表現為月經延遲，但通常并不能出現很明顯的早孕反應，如出現惡心、嘔吐、乏力、嗜睡、厭油膩等反應。目前伴隨著血液、尿液等檢測項目的敏感性越來越高，很多女性，尤其是備孕女性，很有可能在下次月經還沒有到來時便已經開始進行上述檢查，可能發現體內已經有受精卵成功著床，但還沒有來得及進行下一步超聲檢查，便已經發生月經來潮，此時再進行血液、尿液妊娠檢測，便可能發現呈現血液人絨毛膜促性腺激素(HCG)陰性范疇，此時臨床稱之為生化妊娠。實際可以理解為受精卵在早期著床后很快出現妊娠終止，如果沒有通過血液、尿液檢測，很多人可能不知道自己已經存在過受精卵著床，該狀態便稱之為生化妊娠。