慢性萎縮性胃炎用中藥的方法治療行之有效，在臨床上最主要的方法是辨證處方，還可以用中成藥，配合藥膳進行治療。此外，針灸、艾灸、推拿都可以進行配合性治療。如臨床中有肝胃氣滯證，可以疏肝理氣、和胃降逆，用柴胡疏肝散加減。肝胃郁熱證，治療要清肝瀉熱、和胃止痛，可以用化肝煎與左金丸加減。此外，脾胃虛寒型非常常見，治療以溫中健脾、和胃止痛為主，代表方劑是黃芪建中湯。臨床上，由于慢性萎縮性胃炎，伴有虛證較多，所以黃芪建中湯是臨床上最常用的治療慢性萎縮性胃炎的藥物之一。 此外脾胃濕熱證，可以清熱化濕、和胃醒脾，可以服用連樸飲加減。胃陰不足，要養陰和胃、理氣止痛，可以用一貫煎與芍藥甘草湯加減。另外還有一種類型為胃絡瘀阻型，胃絡瘀阻型在臨床上比較常見，結合胃鏡下表現，這一型可以靈活應用，最主要的要治以化瘀止痛，常用豉翹散與丹參飲加減。中成藥也比較多，比如治療氣滯型的氣滯胃痛顆粒、達立通顆粒，治療脾胃虛寒的溫胃舒膠囊、摩羅丹等。