黃體酮長時間使用可能會出現惡心、嘔吐、頭暈，還有可能會造成一定肝腎功能損傷。由于孕酮本身會促進食欲增長，可能會讓胃腸蠕動減慢，也會導致體重增加。 部分女性在用黃體酮時可能會出現乳房脹痛、乳房不適，所以應用黃體酮進行保胎，以及在應用黃體酮進行調經時，可以根據副作用進行相應的調整。出現不適時，患者可選擇副作用比較小的合成黃體酮制劑。