黃體酮本身的副作用并不是很大，但是有些患者吃黃體酮以后會出現頭暈、惡心、頭痛、乳房脹痛等，還有人會出現突破性出血或者抑郁。在臨床上用黃體酮調月經，往往是治療黃體功能不足導致的的月經不調，在這個時候吃藥，往往建議在晚上睡覺之前吃，這樣可能會減輕黃體酮的副作用。如果在服藥的過程中如果來月經，就要停止用藥。此外黃體酮在臨床上，還用于因為子宮內膜過厚導致陰道持續不斷地出血的情況下，應用黃體酮使得子宮內膜完全脫落，也叫做藥物性刮宮。在這種情況下用藥的時候要注意，一定要看血色素是不是正常，如果是貧血的情況下，血色素低于6g/L，這個時候不能用黃體酮來撤退性出血。因為在黃體酮撤退性出血的時候，通常月經量會比較多，如果患者本來就是貧血，這個時候用黃體酮撤退出血會加重貧血的癥狀，有的時候還會有生命危險。