包莖疼常見的原因有以下幾點：1、包皮龜頭炎：包莖無法翻起，局部難以清理，包皮內板和外板之間的包皮垢容易誘發感染。包皮龜頭炎患者需要及時內服或者外用藥物治療，控制好炎癥后建議進行包皮環切術治療；2、HPV感染：可能導致紅腫、疼痛，伴隨包皮間膿性或者黏液性分泌物；3、局部刺激：兒童包皮、包莖較為常見，較少發生包皮龜頭炎，個別情況下局部可能出現紅、腫，通常由局部刺激引起；4、陰莖癌：成年人包莖，尤其是老年人包莖，可能合并陰莖癌，這種情況下較少出現疼痛。如果出現感染導致局部出血，可能引起疼痛。