頭頂上隱隱作痛的原因，主要表現在以下方面：1、局部問題：頭頂上隱隱作痛首先需要排除是不是存在局部問題，比如局部的毛囊炎或者創傷等問題，都可以導致頭頂的頭皮疼痛；2、功能障礙：需要排除功能性的問題，有些隱隱的作痛，如果持續時間不長，偶爾出現很快緩解，有可能是短暫性的功能障礙。如果是這種情況，也不需要太關注或者是不用管，會逐漸恢復；3、枕神經痛：需要排除是不是存在枕神經痛。枕神經痛最主要的疼痛部位是后枕部，也就是后腦勺位置，但是有一部分病人可能會表現為頭頂部疼痛，有些疼痛程度比較重，但也有一部分可能疼痛程度比較輕，就是隱痛。枕神經痛的特點是發作性或者陣發性，每次持續數分鐘或者幾秒鐘很快緩解，接著后面再出現疼痛。如果有枕神經痛的疼痛特點，也需要排除是不是枕神經痛的可能；4、顱內疾病：需要排除是不是存在顱內相關的問題，完善頭顱磁共振檢查，排除顱內是不是存在器質性病變的可能，如果沒有器質性病變，還是考慮前三種可能。