高密度脂蛋白膽固醇偏低的主要危害是容易引起動脈粥樣硬化，即在動脈粥樣硬化的形成過程中起了一些作用。動脈粥樣硬化形成的原因，其實是多方面原因引起，其中膽固醇特別是低密度脂蛋白膽固醇高、高密度脂蛋白膽固醇低，都是動脈粥樣硬化形成的重要原因。目前針對高密度脂蛋白膽固醇低，還缺乏特別有效的藥物治療。常用的這些藥物還是原來的煙酸類、貝特類、他汀類這類藥物，來降低低密度脂蛋白膽固醇，同時有輕度升高高密度蛋白膽固醇的作用。高密度脂蛋白膽固醇降低，沒有低密度脂蛋白膽固醇升高對身體的危害那樣大。因此目前臨床上把低密度脂蛋白膽固醇作為冠心病調脂治療的第一目標、第一靶點，同時把高密度脂蛋白膽固醇的值適當提高。