自然流產之后第三天小腹痛，可能是子宮的收縮痛，但是如果程度比較劇烈，需要除外宮腔殘留和流產后感染的可能性。1、子宮的收縮痛：自然流產之后，子宮需要收縮，將宮腔內的積血排出，還有需要將子宮內膜組織，又叫蛻膜組織排出，因此流產之后，尤其是前幾天的時間，可能會有下腹部的隱痛、墜痛的感覺，這種疼痛考慮是子宮收縮痛，一般只要程度不是特別劇烈，沒有什么需要緊張的，繼續觀察就可以；2、宮腔殘留：如果疼痛比較劇烈，也需要考慮其他一些并發癥的風險。比如下腹劇烈疼痛同時，伴有比較多的陰道出血，這時候就得考慮是否有可能是一些宮腔的殘留導致的出血增多和下腹痛的癥狀；3、流產后感染：也有可能在下腹痛、陰道出血的同時，伴有體溫的升高，或者陰道分泌物的異味，這要考慮是否有可能是流產后的感染，導致疼痛的加重。