顱內動脈瘤主要生長在動脈分叉部，即動脈發出分支的部位。常見部位是前循環，即頸內動脈系統，后循環叫做椎基底動脈系統。在前循環椎動脈系統里大多數會出現在眼動脈分叉部，后交通動脈分叉部以及終末分支，即分出大腦前動脈和大腦中動脈部位。 大腦中動脈和大腦前動脈各級分叉部也會發生類似動脈瘤生長。在后循環常常表現為夾層動脈瘤和囊性動脈瘤，生長位置也主要位于分叉部位，比如常見的椎動脈動脈瘤、基底動脈間動脈瘤、大腦后動脈分支部位動脈瘤。動脈瘤生長與血流方向有一定關系，在分叉部血流隨著沖擊形成動脈瘤，生長方向與血流沖擊方向一致，動脈瘤部位和日后治療以及所帶來預后都密切相關，也為醫生對動脈瘤判斷提供重要依據。