胃鏡活體取樣檢查的是病理，即在胃鏡下進行活檢，取正常組織或病變組織，進一步做病理學檢查，主要查病理相關的問題，比如是否存在慢性胃炎，局部是否有萎縮或者腸上皮化生。對于在內鏡下觀察到可能有病變的位置，比如懷疑是早期胃癌或者已經偏晚期，胃潰瘍很深、很大，附著一些污濁的苔，都需要取活檢。通過活檢，進一步送到病理科進行病理學檢查，幫助判斷是否有腫瘤，腫瘤的病理性質是高級別還是低分化。在內鏡下也可進行治療，比如早癌可進行內鏡下治療，即在胃鏡下把黏膜切下來，進一步送到病理科，檢查腫瘤切得干不干凈，側切緣、底切緣是否干凈，是否有脈管浸潤和癌栓，腫瘤浸潤是否超過黏膜下層或者超過黏膜下層多深。