生長激素治療矮小癥無明顯副作用，但部分孩子長期生長激素缺乏，得到充足生長激素后可能會出現局部水腫，手腫、腳腫，有孩子會出現頭痛、臉腫，均屬于可逆性反應，減少生長激素劑量或停用幾天上述癥狀均會消失。還有部分孩子對生長激素注射會有皮膚局部過敏，會起硬結，此時可減少劑量或停用幾天，上述現象也會有所改善。 明顯脊柱側彎的孩子注射生長激素有加大脊柱側彎的風險，部分孩子有股骨頭滑脫風險，應注意提防，血糖偏高者注射生長激素可能會讓血糖更高。需注意有活動性腫瘤禁忌使用生長激素，對于無腫瘤的，不必過于擔心生長激素注射之后會產生腫瘤。