自體骨移植種牙的風險包括供區風險和受區風險。供區指取骨部位，手術中從供區取肢體的骨塊或者碎骨屑移植在種牙區域。術中需避開重要的神經和血管，避免因取骨損傷臨近的重要血管、神經或者其它解剖結構，如牙齒根尖，以免造成不必要的傷害。 受區是植骨部位，植骨后由于骨組織量增加，切開的軟組織較難復回原位，則需要附加額外的外科技術，將軟組織完整關閉。如果關閉不全或關閉后裂開，會影響成骨質量。由于受區血供較差、創口裂開等因素，會導致移植骨組織出現感染、壞死等。 自體骨移植手術翻瓣較大、創傷較大，術后腫脹、疼痛反應多于常規種植。但只要在手術中控制嚴格適應癥，正確診斷和手術設計，術中精細操作，術后進一步妥善處理，術后風險會大幅降低，甚至患者不會發生并發癥。