自體造血干細胞移植相對風險比較小，該治療本質是個強化療加上自體造血干細胞移植。因為部分血液系統惡性腫瘤可能身體里殘存有惡性腫瘤細胞，需要很強的化療，才能清除干凈，但很強的化療又不能保證細胞能夠及時恢復，會導致并發癥，所以會預先把自身造血干細胞儲存起來，在完成大劑量化療后，給他回收自己的造血干細胞，目的是加快干細胞的植入。同時也會給病人安排在潔凈倉，讓他在血細胞最低時，渡過過感染和出血的難關，由于是自體造血干細胞，所以不會存在免疫原性，不會出現排異、GVHD等情況，所以安全性有保障，一般恢復率能夠達到99%以上，還是很高的，但并不是100%，但總體比異基因造血干細胞移植要安全很多。