經(jīng)過正規(guī)抗結(jié)核治療兩年后，結(jié)核依然未治愈，即痰菌檢查仍呈陽性，此類結(jié)核則稱為難治性肺結(jié)核。難治性肺結(jié)核需要分析原因后進行治療，若為耐藥性結(jié)核，需根據(jù)細菌培養(yǎng)鑒定，繼而根據(jù)藥敏試驗結(jié)果決定治療方案。 還有部分患者為敏感細菌引起，但經(jīng)過正規(guī)抗癆治療，細菌還是無法消失，與病人本身體質(zhì)有關(guān)。部分患者免疫力特別低下，如艾滋病合并結(jié)患者、糖尿病患者、自身免疫性疾病患者等，此類病人免疫功能特別低下，結(jié)核治療效果也較差，需結(jié)合全身支持治療方可控制結(jié)核。部分結(jié)核病人肺出現(xiàn)毀損，肺內(nèi)出現(xiàn)瘢痕化、空洞、膿腫等，造成藥物無法進入病灶，治療也較困難，此類病人如果病灶比較局限，可通過手術(shù)治療。