治療銅綠假單胞菌首選的藥物是哌拉西林，或者是注射用哌拉西林鈉他唑巴坦。其次是三代頭孢菌素，比如頭孢他啶、頭孢哌酮，對其抗菌作用也比較強。其他的β-內酰胺類藥物中，亞胺培南、美羅培南，以及氨曲南等，對其也有作用，還有氨基糖苷類的藥物，如慶大霉素、妥布霉素、阿米卡星。喹諾酮類的藥物如左氧氟沙星、環丙沙星等，對銅綠假單胞菌均有抗菌作用。但是由于銅綠假單胞菌的耐藥性比較強，單一的抗生素對銅綠假單胞菌治療不理想，很快就會出現耐藥菌株，從而導致治療失敗，因此在臨床上推薦聯合用藥。銅綠假單胞菌一般是條件致病菌，是醫院內感染的主要致病菌之一。患代謝性疾病、血液病、惡性腫瘤的患者，以及術后或者是進行某些治療之后的患者，容易感染銅綠假單胞菌，經常引起術后傷口的感染，也可以引起褥瘡、膿腫，化膿性中耳炎等。銅綠假單胞菌引起的感染灶，可以導致血行播散，而發生菌血癥和敗血癥。燒傷后感染銅綠假單胞菌，此種情況通常會比較嚴重，可能會造成患者死亡。