支原體感染經治療后反復發作，如果患者出現相應癥狀，并造成一定影響時，可再次進行藥物治療。患者可根據支原體培養藥敏結果選擇合適抗生素進行治療，通常以美滿霉素、阿奇霉素、氧氟沙星等抗生素治療為主，對于出現反復感染的情況，可能由于耐藥率較高所致，此時還需根據藥敏結果進行選擇。通常認為不易出現耐藥的抗生素包括美滿霉素和阿奇霉素，耐藥率相對較低，易復發的患者可進行再次選擇。但如果僅在單純檢查中存在支原體陽性情況，患者并無癥狀，未出現尿道炎或精液質量受到影響，女性未出現盆腔炎、陰道炎等癥狀時，患者不必過于緊張。此類情況并非支原體感染，即性病，若患者僅單純為支原體陽性，實際并未出現不適感，可以暫時觀察。因為支原體可能類似于皮膚表面的細菌，僅正常寄生于此，并未對人體造成影響。