肛門疼痛應用頭孢類藥物是否有效，需要根據造成肛門疼痛的疾病類型來分析。部分疾病應用頭孢類的抗生素，可能有效，但絕大多數引起肛門疼痛的疾病，應用抗生素無效。有一種情況，如肛周組織的感染狀態，是被微生物入侵所造成的炎性疾病。此時應用抗生素，可以控制細菌，從而控制炎癥的進一步發展，則有一定效果。 但是絕大多數肛周的感染性化膿性疾病，應用抗生素治療都并不徹底，都不是首選的治療方式，都應該予以切開引流。其他類型的引起肛門疼痛的疾病，如肛裂或者是痔瘡的血栓形成，這些疼痛類的疾病應用抗生素都是無效的，因為這些疾病的病因不是細菌感染。 所以，如果有肛門疼痛，是否應用抗生素，需要根據具體情況來具體分析。但是絕大多數肛門的疾病，抗生素的應用都不是首選項。