女性患有腎盂腎炎，可以采用以下藥物進行治療：一、抗病原微生物藥物：1、喹諾酮類藥物：因為女性的腎盂腎炎，絕大多數是革蘭氏陰性桿菌，尤其是大腸桿菌造成。在排除了禁忌證的情況下，可以應用喹諾酮類的藥物進行治療，因為喹諾酮類的藥物在尿液中的濃度最高，有利于進行腎盂腎炎的治療。如果存在部分禁忌證，例如女性的孕期、哺乳期，或者女性患有高血壓，尤其是惡性高血壓，以及主動脈瘤、主動脈夾層、精神異常等，可能就不適宜使用喹諾酮類的藥物，否則容易加重上述的情況，或者引起不必要的異常。如果女性小于18周歲，也不宜選用喹諾酮類的藥物進行治療；2、β-內酰胺類的藥物：β-內酰胺藥物只要不存在過敏的情況，就可以選擇應用其治療腎盂腎炎。二、小蘇打：應用抗病原微生物治療腎盂腎炎的同時，也需要服用小蘇打堿化尿液，抑制細菌的生長。三、中成藥：還可以應用某些中成類的藥物，改善尿路感染的癥狀，也就是腎盂腎炎的癥狀，例如三金片、熱淋清顆粒，以及銀花泌炎靈片等。治療腎盂腎炎的時候，要多喝水，注意休息，戒煙戒酒，避免辛辣的食物，這些措施也很重要。