衣原體檢查一般是在女士孕前或是懷疑男士由支原體、衣原體引發非淋尿道炎時所做的檢測。檢查時，一般會使用專用棉簽，取尿道外口分泌物，送病原微生物科做鑒定。若衣原體陽性，可診斷衣原體相關的婦科感染或尿道感染。衣原體是在細菌和病毒之間的一種致病微生物，主要在男士誘發尿道炎，特點主要是尿道外口會有嚴重瘙癢感，出現細胞分泌物，可應用大環內酯類抗生素進行治療，如羅紅霉素、阿奇霉素等，此類藥物治療療程較長，直至復查尿常規，衣原體陰性，才可證明臨床治愈。若誘發婦科感染，亦可使用大環內酯類藥物進行治療。