衣原體和支原體均屬于致病微生物，加起來有數百種，但真正能引起人類發病的不多。衣原體里主要有沙眼衣原體，沙眼衣原體有幾個變種，包括肺炎衣原體、鸚鵡熱衣原體沙眼衣原體可引起沙眼，沙眼衣原體變種可引起生殖道感染。 肺炎衣原體主要引起肺炎，鸚鵡熱衣原體也主要引起肺炎。支原體里致病最多的是肺炎支原體、生殖支原體，這兩類感染在臨床上引起沙眼和肺炎。支原體可引起生殖道感染，非淋菌性尿道炎的主要病原體即支原體。