本品用于治療腸道和腸外阿米巴病，如阿米巴肝膿腫、胸膜阿米巴病等，還可用于治療陰道滴蟲病、小袋蟲病和皮膚利什曼病，麥地那龍線蟲感染等。目前還廣泛用于厭氧菌感染的治療。 服用甲硝唑15%-30%的病例出現不良反應，以消化道反應最為常見。包括惡心、嘔吐、食欲不振、腹部絞痛，一般不影響治療。神經系統癥狀有頭痛、眩暈，偶有感覺異常、肢體麻木、共濟失調、多發性神經炎等。大劑量可致抽搐。少數病例發生蕁麻疹、潮紅、瘙癢、膀胱炎、排尿困難，口中金屬味及白細胞減少等，停藥后自行恢復。有活動性中樞神經系統疾患和血液病患者禁用。出現運動失調或其它中樞神經癥狀應停藥。 注意事項：甲硝唑的代謝產物可使尿液呈深紅色，可能對診斷產生干擾。重復一個用藥療程之前應做白細胞計數。厭氧菌感染合并腎功能衰竭者，給藥間隔時間應由8小時延長到12小時。用藥期間及服藥后1周內應戒酒。飲酒后可能出現雙硫侖反應，會發生顏面潮紅、心悸、胸悶、惡心、嘔吐、頭痛、頭暈、呼吸困難、氣促、胸痛、心梗、急性肝損，甚至驚厥及死亡等。