嬰兒甲狀腺功能低下，多數情況下用藥可以控制，但是多數可能需要終身服藥。因為引起嬰兒甲狀腺功能低下的原因不同，所以其預后相對也會有些差異。如果是先天性的甲狀腺功能低下或者是甲狀腺受到破壞，或者是因為免疫系統疾病造成的免疫性損傷，可能需要終身服用甲狀腺合成的甲狀腺素，維持嬰兒機體正常的甲狀腺水平，這種雖然可以用藥控制嬰兒的甲狀腺狀態不出現一些臨床癥狀，但是并不能在停藥之后達到治愈的狀態。當然有一些藥物引起的或者是一過性的炎癥引起的，可能通過外界的炎癥或者是藥物的控制，嬰兒的甲狀腺功能低下可能會有緩解。這種相對來說可能不用終身服藥，一段時間之后就達到治愈。嬰兒出現甲狀腺功能低下，多數可能與先天性的因素相關性比較多，可能終身服藥的機會相對比較高。如果嬰兒出現甲狀腺功能低下，一定要高度重視，因為早期甲狀腺功能低下特別容易造成嬰兒出現神經系統發育異常，出現癡呆，所以一定要早期進行積極控制。