因為機體具有自我修復能力，輕度藥物性肝損傷患者只要停用引起肝損傷的藥物，可能不需要經過特殊的治療，即可自動痊愈。中重度藥物性肝損傷患者的療程根據引起肝損傷的藥物種類、攝入的量、肝損傷的嚴重程度，以及患者原來的基礎疾病而有所不同，治療的時間自數日至數月不等。藥物性肝衰竭的治療時間更長，部分患者甚至無法治愈。對于治療結局，急性藥物性肝損傷患者的預后較佳，而慢性藥物性肝炎的預后總體上亦好于組織學類似的非藥物性肝損傷。膽汁淤積性藥物性肝損傷患者一般需要停藥后3個月到3年方可逐漸恢復，部分患者的病情反復發作，且遷延不愈，最終可能出現嚴重的膽管消失及膽汁淤積性肝硬化，其預后較差。