霉菌性中耳炎常用的藥物有硼酸甘油酒精滴耳(硼酸酒精抑菌液)、曲安奈德軟膏(復方十一烯酸鋅曲安奈德軟膏)局部涂藥，或對于嚴重的霉菌性中耳炎，局部用藥無法好轉時可以使用抗真菌類口服藥，如伊曲康唑霉菌性中耳炎是霉菌感染中耳腔導致的一種炎癥，此疾病比其他常見類型的中耳炎，如分泌性中耳炎、化膿性中耳炎等難治很多。由于一般的分泌性中耳炎、漿液性中耳炎、化膿性中耳炎等都可以使用頭孢菌素類抗生素來緩解癥狀，但是霉菌性中耳炎比較頑固。如果有條件，可以到專業的耳科醫生處進行耳部的細菌培養，選用合理的抗真菌藥物。另外，也建議患者進行耳部的換藥治療、雙氧水耳浴等方法來消除霉菌。如果霉菌性中耳炎非常頑固，可能需要選擇手術的方法清除。