甲狀腺功能減退不會引起多囊卵巢綜合征，但是甲狀腺功能減退的女性可以同時合并有多囊卵巢綜合征，即可以同時患兩種疾病。并不是由于甲狀腺功能減退從而所導致的多囊卵巢綜合征，兩者沒有因果關系。甲狀腺是人體重要的內分泌器官，甲狀腺功能減退會影響垂體，因為垂體會同時控制甲狀腺，也會同時控制卵巢，所以甲狀腺功能減退可能會影響月經，導致女性月經量減少或者月經周期的改變。但是即使造成月經的改變，也不會導致多囊卵巢綜合征的發生。多囊卵巢綜合征是一種多因素共同作用的疾病，而且臨床表現是以月經紊亂、月經稀發、月經頻發、閉經、不孕、高雄激素血癥或者高雄激素為主，還包括代謝異常、胰島素抵抗等多種臨床表現。所以甲狀腺功能減退和多囊卵巢綜合征之間沒有必然的因果關系，即使同時發生在一個女性，也可以同時進行治療，治療方法也有所差異。