兒童的泌尿道感染應采取其它措施，因為兒童泌尿道感染在整個尿路感染中，有其特殊性。首先要除外兒童有沒有先天性異常，解剖異常，包括兒童常見的巨結腸癥、巨輸尿管癥引起的尿路梗阻。因此其在使用藥物時要復雜些，多數藥物不適合于兒童。比如治療急性膀胱尿道炎常用的喹諾酮類藥物，不適合兒童，因為其會影響骨骼系統的發育，18歲以下的年齡段，特別是界定兒童14歲以下更不能用此類藥物。包括左氧氟沙星和環丙沙星，這些藥物不能用在兒童。部分對兒童肝腎功能發育有影響的藥物，比如氨基糖甙類、鏈霉素、慶大霉素，可引起腎功能損害，部分藥物還會引起聽神經損害、神經性耳聾，所以這類藥物對兒童也不能使用。