停經40天的患者可以進行藥流，藥流也就是藥物流產，但是存在某些禁忌證。如果患者需要進行藥物流產，通常需要根據停經的時間，以及結合B超檢查以判斷胚胎大小判斷，通常要求胎囊大小＜3cm才可以進行藥物流產。而患者本身也必須沒有肝腎功能障礙，藥物流產的藥物需要經過肝腎代謝，如果患者的肝腎功能不佳，也不建議進行藥物流產。藥物流產屬于一種不全流產，絨毛排出后，宮腔內還有較多的蛻膜需要逐漸排出。如果排出時間特別慢，可以造成藥流后患者出血時間較長，甚至可能超過1個月。另外藥物流產不全，可能會影響子宮收縮，以及宮腔內血管閉合，造成患者在藥物流產后發生大出血，清宮手術可以達到止血的目的。因此停經40天的患者可以進行藥物流產，但是可能會有其不良反應和并發癥的情況。