停經40天B超看不到孕囊有可能是宮外孕的表現，也有可能是胚胎發育較小的表現，兩者需要做出鑒別，具體內容如下：1、胚胎發育較小：一般2次月經中間為排卵期，如果在正常排卵期排卵在停經40天左右，可以看到宮內孕囊，但有時排卵推遲，孕囊發育較小，停經40天有時看不到宮內孕囊，需要再等待1-2周，才可以看到宮內孕囊；2、宮外孕：非常危險，如果漏診宮外孕，有時甚至有生命風險，要檢查血HCG，如果血HCG超過2500-3000U/L，B超宮內未見孕囊，考慮宮外孕，按宮外孕處理，可以采取MTX保守藥物治療，也可以采取手術治療。如果血HCG在2500-3000U/L之內，B超看不到宮內孕囊，要隨診觀察，一般每隔48小時，檢查血HCG和B超判斷具體是宮內孕或宮外孕。