引起消化不良的原因很多，包括胃腸動力異常、胃十二指腸高敏感、幽門螺桿菌感染、胃底容受舒張功能障礙以及精神心理因素影響，其中胃腸動力異常和內臟敏感度增高是最重要的因素。 胃腸動力異常會導致患者胃內食物分布出現異常，表現為惡心、早飽感表現。動力異常還會造成十二指腸反流，患者表現為腹痛、腹部燒灼感，胃排空障礙會造成患者的餐后飽脹、惡心嘔吐等癥狀。內臟感覺異常導致患者對各種刺激敏感性增加，與早飽癥狀相關，這類患者的十二指腸對酸、脂類食物比較敏感，經常出現惡心，不良的心理精神因素會加重或者誘發疾病的發生。這些因素互為因果，相互作用造成消化不良。而功能性消化不良是一種消化不良，指一組或者一個癥狀，主要表現為上腹部疼痛、飽脹、惡心、嘔吐、早飽感等。