射精時輸精管疼痛可以用以下藥物：1、α受體阻滯劑：射精的時候輸精管疼痛一般可能與前列腺炎有關，對緩解這一類疼痛首選使用α受體阻滯劑，代表性的藥物如坦索羅辛、特拉唑嗪，一般都有較好的療效。使用治療的療程一般是1-3月，所以在使用有效的情況下，一般是1周見效，但是建議適當延長療程；2、中成藥：也可以參照祖國醫學，關于解熱通淋的治法，對于這種類型特別是射精時輸精管疼痛，可以采用像癃清片，或者是前列安栓這樣的中成藥予以輔助的治療，往往會有比較好的臨床療效；3、抗生素：在治療上也要警惕患者可能是存在一種有菌性前列腺炎，因此這類患者要做前列腺液分析。如果在前列腺液中看到有大量的白細胞，說明有菌的前列腺炎。治療上應該再加用喹諾酮類的抗生素，比如左氧氟沙星。療程大約也是1-2月，等到前列腺液中白細胞轉陰，才可以放心停用抗生素。