細菌性痢疾是由痢疾桿菌導致的腸道傳染病，治療常用藥物是能殺滅痢疾桿菌的藥物，最常用的是喹諾酮類抗生素。喹諾酮類抗生素中主要用的是諾氟沙星和左氧氟沙星，但部分患者由于喹諾酮類抗生素影響骨骺發育，所以骨骼處于生長發育階段的兒童、青壯年人群不能應用喹諾酮類藥物。同時喹諾酮類抗生素可影響胎兒以及哺乳期新生兒的發育，所以孕婦及哺乳期的婦女也需避免使用。代替喹諾酮類抗生素的藥物是口服的三代頭孢，最常用的是頭孢克肟，對痢疾桿菌較敏感，能殺滅痢疾桿菌。除應用抗生素外，還需注意細菌性痢疾患者腸道菌群平衡，需適當補充正常的腸道菌群，應用的藥物是雙歧桿菌類藥物，包括雙歧桿菌三聯活菌膠囊、雙歧桿菌四聯活菌膠囊。應用活菌時，需與抗生素隔開一段時間應用，否則抗生素可將補充的活菌一起殺滅。