尿路感染時，可以應用氟哌酸進行治療。在尿路感染治療中，核心藥物是抗生素。抗生素選擇主要依據尿培養結果，同時可以經驗性用藥，包括磷霉素氨丁三醇、匹美西林、呋喃妥因、喹諾酮類，以及第二代和第三代頭孢菌素。氟哌酸屬于喹諾酮類藥物，因此對于尿路感染治療有效。氟哌酸屬于老一代的喹諾酮類藥物，目前有新型藥物出現，臨床上應用較多的是左氧氟沙星，其主要代謝是通過尿液，尿藥濃度較高，對控制尿路感染比較有效。除抗生素治療外，如果排尿刺激癥狀比較嚴重，還可以應用針對癥狀緩解的藥物，如黃酮肽類的藥物或者M受體阻滯劑。對于癥狀相對較重，還可以用堿化尿液的方式進行處理，如口服碳酸氫鈉。