先天性心臟病的手術時機要根據先天性心臟病的類型決定，比如嚴重的先天性心臟病，需要緊急急診手術的孩子，一旦診斷先天性心臟病，將第一時間給予緊急手術，比如大動脈轉位。在新生兒期一旦發現先天性心臟病，就要盡早給予手術根治。還有一些是簡單的先天性心臟病，可以擇期進行手術，比如房間隔缺損、室間隔缺損、動脈導管未閉或者肺動脈瓣狹窄等，可以定期追蹤、隨訪和觀察，擇期手術。如果是中到重度肺動脈瓣狹窄，年齡在三個月以上，就可以考慮做介入性的肺動脈球囊擴張。還有室間隔缺損的孩子可以先隨診關系觀察，因為有一些可以自愈，隨著年齡增長，缺損的房間隔和室間隔可以逐漸自行恢復到正常，不需要手術治療。一般房間隔缺損觀察到兩歲，室間隔缺損觀察到三歲，如果還沒有愈合或缺損比較大，可以考慮擇期進行先心的介入手術，或者后期做開胸心臟手術。