先天性膽總管囊腫并發癥一個是反復出現疼痛、黃疸，最后導致的情況就是孩子感染癥狀，會出現發熱，局部膽管炎，最嚴重的是膽總管囊腫穿孔。另外它有可能引起長期膽管囊腫持續存在，最后會導致膽總管囊腫癌變，所以這種情況下在臨床上主張一般膽總管囊腫最后確診，肯定確診就要盡早手術治療。因為現在隨著麻醉技術提高，對新生兒，包括嬰幼兒治療，麻醉基本上可以保證手術安全。所以現在對先天性膽總管囊腫的治療原則是一旦確診盡早手術治療，不要等將來出現相關并發癥以后再進行手術治療，會導致局部解剖結構發生變化，從而導致手術困難。