絕大多數骨囊腫不需要處理，可以觀察，采取保守治療，對于少數有癥狀的或增大明顯的骨囊腫，可以采取手術刮除、植骨的方法。骨囊腫屬于良性病變，即使不給予處理，也不會變成惡性組織，而且骨囊腫在很多情況下進展緩慢，采取保守觀察的方法，一般不會有短期內快速的進展。這種保守的方法需要定期復查，可以通過某些檢查，比如X線片或核磁共振，來判斷骨囊腫的變化。對于比較小的骨囊腫，比如1-2mm，可以保守治療，但是當骨囊腫增大到＞4-5mm，并且合并有癥狀時，比如疼痛、不舒服，此時可以考慮保守治療以外的手術治療。手術的目的就是將骨囊腫的囊壁刮除，同時對刮除以后骨囊腫所遺留的骨空腔進行植骨治療。對于這種植骨治療，最好是通過微創的方法，在臨床上，也有很多通過關節鏡的方法，來治療骨囊腫。