肛瘺的預防主要在于及早治療肛門周圍的感染性疾病，因為大部分的肛瘺都來源于肛隱窩感染，所以肛竇炎階段，如果正確處理，不至于發展成肛瘺。需要注意： 1、比如肛竇炎墜脹、疼痛，隱窩深度超過0.5cm，這時候應當及時的切開引流，這樣會防止日后形成膿腫或者形成肛瘺； 2、膿腫要及早的切開引流，時間越長，肛門周圍疏松的結締組織一旦形成積膿以后，向其它間隙播散速度會比較快，導致比較復雜的情況，對肛門功能的影響也比較大。 所以有病需要及早的去就診，及早的治療，一旦形成肛瘺以后，要及早手術，如果不手術，很少能自愈。