扁桃體化膿主要選用合適抗菌素，口服即可。至于抗菌素使用，如無特殊感染，通常首選青霉素或頭孢類，有特殊過敏史，則建議換為阿奇霉素或氧氟沙星此類抗菌素。若癥狀較嚴重，如引起高熱、扁桃體周圍炎，甚至扁桃體周圍膿腫，建議肌肉注射或靜脈輸液抗菌素。因扁桃體化膿常見原因為細菌感染，因此抗菌素治療為首選，其次可對癥治療，如發熱采用解熱鎮痛藥物，睡眠不佳可采用鎮靜等幫助睡眠藥物。以及絕對禁煙酒，少食辛辣刺激食物，適當休息，多飲水，亦為較重要措施。倘若頻繁發炎、化膿，成年人扁桃體化膿＞2次/年，建議具備條件可行手術切除扁桃體，可將扁桃體作為病灶要去除，于身體存在好處。