多數患者使用西地碘含片治療口腔潰瘍效果較好。由于西地碘含碘成分，而在臨床中治療口腔潰瘍常用藥為碘甘油，當中也含有碘，涂抹在口腔潰瘍面可起到消炎、鎮痛及愈合口腔黏膜作用，因此對于治療口腔潰瘍效果較好。西地碘成分與碘甘油有相似之處，因此治療口腔潰瘍效果亦較好。部分患者可能涂抹西地碘后效果不理想，可試用西地碘含片含服，但需注意盡量讓含片成分與口腔潰瘍疼痛部位接觸較廣面積且較長時間。若效果仍不理想，則可選用其他藥物，如口腔潰瘍散、貝復新凝膠及給予輔助性的治療口腔潰瘍及感染的藥物進行口服或漱口，以消除口腔感染與潰瘍，可盡快痊愈。