服用連花清瘟膠囊后，出現的主要副作用為消化道癥狀，偶爾可出現胃腸道不適，通常較輕微，此時建議患者在餐后服用。因為連花清瘟膠囊的成分包括連翹、金銀花、石膏、板藍根、大黃、藿香、魚腥草等，其中較多成分的藥性偏寒涼，同時該藥為清溫解毒、宣肺泄熱的藥物，所以平素脾胃較虛寒的患者用藥后可能會出現胃部不適癥狀。此時建議改在餐后服用，可以較大限度減少藥物所引起的胃腸道不適癥狀。此外，連花清瘟膠囊里含大黃，所以用藥期間可能出現腹瀉癥狀，尤其是平素有脾虛、大便不成形的患者，可能會加重上述癥狀。如果腹瀉癥狀較輕，可以先觀察，等疾病治療完成，通常停止用藥后腹瀉癥狀會好轉。如果腹瀉癥狀比較嚴重，建議患者及時停藥并就診，請醫生進行處置。