自體造血干細胞移植的優點顯而易見，最大的優點是干細胞的來源自己掌控，而且花費較少、成功率較高等。自體造血干細胞移植的缺點也顯而易見，即容易復發。一、優點：1、干細胞的來源自己掌控：自體造血干細胞移植最大的優點是干細胞的來源自己掌控，不受別人的限制；2、花費較少：自體造血干細胞移植的花費比異基因干細胞移植少；3、成功率較高：自體造血干細胞移植的成功率比異基因干細胞移植高。二、缺點：干細胞盡管在體外提出后進行凈化和純化，但難免還帶有自身的腫瘤細胞的污染，帶有污染的腫瘤細胞回輸后容易復發。即使干細胞里沒有腫瘤細胞的污染，自體造血干細胞移植后，大多數情況下的復發率比異基因干細胞移植高。腫瘤首先是自身有問題，其次受外來環境因素的影響，自身的問題最主要的是免疫監督功能缺失，不能識別哪個是腫瘤細胞并將其清除。