月經不調大部分原因是體內分泌激素不規律，吃避孕藥可以模仿月經周期激素變化，促進月經來潮。在正常有月經的情況下每個月在排卵前雌激素、孕激素水平比較低，卵泡發育導致雌激素水平達到高峰，卵泡破出后雌激素水平急劇下降，但是卵巢內形成黃體，黃體又逐漸分泌雌激素和孕激素，所以在月經前雌孕激素共同達到峰值。隨著卵巢內黃體組織的萎縮，激素水平急驟下降，子宮內膜無法支撐而形成月經。月經不調通常是由于沒有規律排卵導致，想要恢復排卵比較困難，可能需要促排卵治療，可能會用到促排卵藥物，但是對卵巢以后也會有影響。如果人為外用補充激素，可以解決月經不調的問題，但停藥后可能會出現撤退性出血。而避孕藥前半周期只有雌激素，而后半周期有雌激素和孕激素，同時由于外源性激素介入抑制內源性激素的分泌，不會產生重疊作用。