試管嬰兒可發生宮外孕，其宮外孕發生幾率與自然妊娠相同。尤其是曾經發生過宮外孕，或者有輸卵管手術史、輸卵管不通的患者，宮外孕的幾率可能增加。試管嬰兒是指使用促排卵藥物后進行取卵，然后取出精子，在體外形成受精卵、胚胎，再移植回子宮，這也可能造成宮外孕。自然妊娠狀態，通常在受精后7-8天，胚胎植入子宮內膜。但試管嬰兒將胚胎放入子宮腔的時間，通常在受精后第3天，最多5-6天，所以將胚胎放入子宮后，胚胎還會在子宮內游走。某些情況下經過輸卵管、子宮的開口，到達輸卵管內，若胚胎繼續長大，在應該著床于子宮內膜的時間無法回來，則會造成輸卵管妊娠，即宮外孕。