試管嬰兒的畸形概率較小。試管嬰兒只是將卵子和精子從體內取出，在體外正常受精，在培養箱里面培養3-5天，形成胚胎后再移植回子宮腔里面，整個過程與正常的懷孕過程相同，畸形率、流產也與正常分娩基本一樣。即使是正常的懷孕也可能有2%-3%的畸形率，而試管嬰兒甚至可更少，因為試管嬰兒會從胚胎中間選出形態學評分中較好的胚胎，所以試管嬰兒的畸形率并沒有比正常妊娠高。患者可能會有較多自身的不孕因素，如卵子質量不佳、染色體異常，都可能會導致胚胎異常情況，但在正常妊娠中也可能會存在。但試管嬰兒可能會有更多的妊娠期并發癥，如患者合并有糖尿病，糖尿病也可導致胎兒畸形。所以在做試管嬰兒前應控制好血糖情況，在妊娠后也要重點關注血糖情況，避免妊娠期糖尿病產生，畸形率會有好轉。