腦門痛的原因較多，具體如下：一、原發性頭痛：比如叢集性頭痛，由于三叉神經自主神經功能紊亂，出現一側腦門、眼眶周圍疼痛比較嚴重，需要通過麥角胺咖啡因和吸入純氧進行治療。二、偏頭痛：偏頭痛發作可表現為腦門痛癥狀，熬夜、疲勞、情緒波動、女性生理期等容易誘發發作，臨床需要予以氟桂利嗪改善癥狀。三、繼發性因素：1、病毒感染：一般是帶狀皰疹病毒，會引起腦門痛且伴有皰疹，需要給予抗病毒和神經痛藥物進行治療；2、鼻竇炎：尤其是額竇炎癥，會出現腦門痛的癥狀，需要積極治療鼻竇炎，可以通過手術引流改善癥狀；3、眼睛疾病：包括青光眼、結膜炎，導致眼壓升高等刺激，進而引起腦門疼痛癥狀；4、顱內病變：包括血管性腦出血、腦炎等，均會引起腦門痛的癥狀。