寶寶睡覺時手腳亂動的主要原因有以下幾種：1、生理性原因：寶寶的神經系統發育未完善，在發育過程中可存在不自主的手腳活動，如果睡眠較好，偶然出現手腳亂動屬于正常反應，隨著年齡增大可以減少或消失。若睡眠前過于興奮，或睡眠時環境溫度過高或穿衣過少，均可能會影響寶寶的肢體，進而出現活動的現象，可適當調整環境溫度，或睡前進食避免饑餓；2、疾病性原因：如維生素D缺乏引起的佝僂病，寶寶可表現為易驚，輕微的聲音便會引起手腳抽動，可適當補充維生素D。小兒癲癇發作也可在夜間出現手腳抽搐，需及時到醫院進行腦電圖等相關檢查才能明確。