嘴上起水皰首先要分清病因，然后再針對性進行治療，具體如下：1、單純皰疹病毒感染：單純皰疹病毒感染所引起的單純皰疹最常見，主要采取抗病毒藥物治療，比如口服阿昔洛韋、伐昔洛韋、更昔洛韋這類抗病毒藥物，局部可以外用阿昔洛韋軟膏、更昔洛韋軟膏或者干擾素凝膠來進行治療。對于皰疹病毒都有特異性抗病毒作用，所以一般連用幾天之后，皰疹的水皰就會逐漸干涸、結痂、痊愈。但如果以后機體免疫力下降時，皰疹還可能再次復發，所以除了用藥之外一定要注意休息，避免吃刺激性食物，保證良好的免疫力，才能保證皰疹不復發；2、其他病毒感染：比如水痘累及到嘴部，如手足口病也可以引起嘴巴長水皰，也要對癥進行抗病毒處理；3、機械損傷、燙傷、蚊蟲叮咬等：局部預防性地使用紅霉素軟膏、夫西地酸乳膏，以及生長因子，都可以促進水皰痊愈，主要起到保護、預防感染、促進修復的作用。