嘴上起水皰可通過以下方式處理：1、單純皰疹：最常見的由單純皰疹病毒感染引起的單純皰疹，主要使用抗病毒藥物來治療。在嘴上出現單純皰疹的水皰之后，就要積極地內服阿昔洛韋、伐昔洛韋、更昔洛韋等抗皰疹病毒藥物來進行治療，有時還可以配合中藥中抗病毒、清熱解毒藥物，比如抗病毒口服液，或者板藍根沖劑等也有一定輔助作用。局部可以外用抗病毒阿昔洛韋軟膏、更昔洛韋軟膏、干擾素凝膠來進行治療，這些水皰就會干涸、痊愈。但以后還要注意不要過于勞累，保持良好免疫力，否則單純皰疹的水皰有可能再次復發；2、其他原因：除皰疹的水皰外，也有可能由于其他原因引起嘴上水皰，比如局部被燙傷或者被蟲咬以后引起局部的水皰，還有機械損傷也可能導致水皰，對這類水皰處理原則一方面預防感染，另一方面促進愈合，比如可以外用紅霉素軟膏、夫西地酸乳膏預防感染，也可以使用生長因子的凝膠或者噴劑來促進水皰及時修復、痊愈。