嬰兒腸套疊最早期的癥狀為出現陣發性哭鬧或者腹痛，如果哭鬧不安、不易安撫，有必要帶嬰兒就醫，此時有可能發生腸套疊，因較小的嬰兒不具備語言表達能力，腹痛無法言說，取而代之的是劇烈的哭鬧，且疼痛會導致嬰兒面色蒼白，期間會安靜一段時間，大概哭鬧十多分鐘后又安靜幾分鐘，而安靜一段時間后又再次出現大哭，難以安慰，持續、反復的發生哭鬧，需要高度警惕腸套疊的可能。 除此之外，還有可能出現嘔吐，此為繼腹痛后的一種最常見的癥狀，從開始嘔吐食物殘渣到綠色膽汁，更嚴重的會嘔吐糞水樣液體，也會出現果醬樣大便，一般哭鬧后排出血便，血便的形狀呈稀薄黏液狀，有時呈膠凍樣的果醬樣，幾小時后仍然會排出血便，且腹部還會出現包塊，在發病初期、哭鬧的間歇期因腹肌伸直，右上腹較易摸到臘腸樣包塊且包塊有彈性、可以活動。