男性發生左側腎疼，主要有以下原因：1、先天性畸形：如腎盂輸尿管連接部的狹窄，特別容易造成腎臟積水，且容易繼發感染，當患者有腎臟積水或繼發感染時，容易發生腎區疼痛；2、炎癥、結石性的病變：如腎盂腎炎、腎結石、輸尿管結石，也可引起左側腎疼；3、腫瘤性病變：囊腫較大，如血管平滑肌脂肪瘤，即錯構瘤，還有腎癌類惡性腫瘤，可能發生破裂或自發出血等表現，當有破裂、自發出血時，也可感覺左側腎區疼痛；4、外傷。