大多數眼球發炎難以自愈，如果出現病毒性結膜炎，部分患者可以自愈，病毒感染本身2周左右可能會自愈。大多數患者出現病毒感染時，可能出現繼發性細菌感染，導致更為嚴重的病原體感染，不能由于僅為結膜炎而忽視治療。部分患者的病毒感染屬于較重的病毒，可能在1周時自覺癥狀改善，眼睛不再發紅、疼痛，眼屎較少，但是經過專業檢查可以發現病毒已經侵犯角膜，存在較多浸潤斑，如果沒有及時治療，可能會變成斑翳。如果斑翳恰好位于中央，可能直接影響視力，如果持續出現在邊，可能影響眼底檢查，如果斑翳較大，甚至會導致散光。治療時機恰好在于自覺好轉時，如果及時使用激素可以根治。如果貽誤治療，可能遺留斑翳，角膜炎、結膜炎好轉后瘢痕可以永久存在。